Tot 1800 bestond in Utrecht een tehuis voor leerlingen van de Hieronymusschool (het huidige USG) onder de naam "Collegium Willebrordi ac domus pauperum". Toen het tehuis in 1800 werd opgeheven en verkocht, stichtte men van de vrijgekomen gelden een fonds onder dezelfde naam. In 1977 werd het fonds omgezet in een stichting. Tot eind jaren 90 was naast het Hieronymusfonds en het Gregoriusfonds ook de gemeente Utrecht bij het Willebrordusfonds betrokken. Thans wordt het bestuur van het Willebrordusfonds gevormd door 5 bestuursleden. Het Hieronymusfonds en het Gegoriusfonds wijzen ieder 2 bestuursleden aan en zij wijzen samen een voorzitter aan. 

Het Willebrordusfonds ondersteunt de school financieel bij werkweken, diesvieringen en lustra. Zonodig worden ook aan ouders individueel bepaalde extra kosten van het te volgen onderwijs vergoed (excursie e.d.). Sinds enkele jaren looft het Willebrordusfonds een prijs van € 200,- uit aan de eindexamenkandidaat met het beste profielwerkstuk.